補充保費費率為 2.11%，由給付單位在給付時代為扣繳，次月月底前繳給健保署。診所與公司最常碰到的有 6 類：
一、高額獎金
同一年度累計獎金超過當月投保金額 4 倍的部分，超過部分要扣。例如投保金額 45,800 元，全年獎金超過 183,200 元的部分要扣 2.11%。
二、兼職薪資
非在本單位投保的兼職人員，單次給付達 基本工資（29,500 元） 以上時，要扣補充保費。低於基本工資免扣。
三、執行業務收入（9A）
給付兼職醫師、藥師、營養師等執行業務報酬，單次達 20,000 元以上要扣。
四、股利所得
公司分配股利，單次達 20,000 元以上要扣。
五、利息所得
單次達 20,000 元以上要扣。
六、租金收入
向個人承租診所或辦公室，每次租金達 20,000 元以上要扣。租給公司的房東常常忘記這筆。
給付單位漏扣，健保署會向給付單位追繳，並可處應扣金額 2 倍以下罰鍰。租金與 9A 是診所最常被追繳的兩項。
單次給付上限為 1,000 萬元。租金與勞務報酬的扣繳，可用本站「租金扣繳試算」與「執行業務所得試算」工具。
資料來源：衛生福利部中央健康保險署