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目前綜合所得稅的退稅有下列兩種方式：
1.利用存款帳戶直接劃撥退稅：在結算申報的時候，只要在申報書上的「利用存款帳戶退稅款」欄，利用本人、配偶或是同一申報戶之受扶養親屬，在金融機構或郵局之存款帳戶或在外商銀行所開立之新臺幣存款帳戶，將存款單位名稱、存款種類、帳戶號碼、存款人姓名及身分證統一編號等資料填寫清楚，國稅局就會直接將應退稅款劃撥存入指定的存款帳戶內。
2.寄發退稅憑單：如果未採用劃撥退稅方式，國稅局就會直接郵寄退稅憑單給退稅人。退稅憑單如果沒有劃線時，可直接向指定銀行領取退稅款，退稅憑單有劃線時，就必須存入金融機構，透過票據交換方式，領取退稅款。