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財政部高雄市國稅局表示：職工由服務單位支領或給付之健康檢查費，係屬職務上取得之補助費，服務單位應依規定辦理扣免繳憑單申報，個人則併計取得年度之綜合所得總額課稅。
為了照顧員工健康，保障員工福利，營利事業每年定期舉辦職工之健康檢查，除符合下列2項條件，得不視為勞工之薪資所得外，其他情形依稅法規定核屬職工之薪資所得：
1.雇主依勞工安全衛生法第12條第1項規定對於在職勞工應施行之定期健康檢查。
2.對於從事特別危害健康之作業者，應定期施行特定項目之健康檢查，其依前開同法條第2項規定負擔之健康檢查費。
財政部高雄市國稅局提醒扣繳單位注意此項規定，以免因疏忽而誤計職工之所得，影響職工權益，或未依規定辦理扣免繳憑單申報而受罰。